Le Document d'objectifs met en avant plusieurs enjeux sur le site et propose plusieurs objectifs de conservation ainsi que les moyens d'y parvenir.
Les enjeux les plus importants concernent :
- l'Aigle de Bonneli
- des chauves-souris : le Rhinolophe de Méhély, le Rhinolophe euryale, le Minioptère de Schreibers, le Murin de Capaccini et le petit Murin
- le Barbeau méridional
- des habitats naturels : les Formations de genévriers méditerranéens, les Prairies fauchées méso-hygrophiles méditérranéennes, les forêts-galeries à Salix alba et Populus alba ainsi que les Grottes accueillant les chauves-souris
Les enjeux importants concernent :
- des oiseaux : le Circaète Jean le blanc, la Fauvette Pitchou, le Grand Duc d'Europe, le rollier d'Europe, l'Aigle royal, le Bruant Ortolan et le Busard cendré
- des chauves-souris : le Grand et le Petit Rhinolophe
- des espèces aquatiques : les Ecrevisses à pieds blancs et le toxostome
- des habitats naturels : les Pentes rocheuses calcaires avec végétation chasmophytique, les Pelouses pionnières continentales et subatlantiques acidiclines des dalles siliceuses sèches et chaudes, les Hêtraies acidiphiles montagnardes à houx et les Buxaies supraméditerranéennes
Les enjeux modérés concernent :
- des oiseaux : l'Engoulevent d'Europe, l'Oedicnème criard, la Pipit rousseline, l'Alouette lulu, la Bondrée apivore et le Faucon pélerin
- le Blageon (poisson) et le Grand Capricorne (insecte)
- des habitats naturels : les Formations herbeuses sèches semi-naturelles et faciès d'embuissonnement sur calcaires, les Falaises siliceuses des Cévennes, les ourlets méditerranéens mésothermes à Brachypode rameux de Provence et des Alpes-Maritimes, les Eboulis calcaires mésomédtiterranéens à éléments moyens du Midi, les Landes sèches européennes, lesForêts de châtaigniers, les Forêts à Quercus ilex et Quercus rotundifolia et les Formations à Cytisus purgans
- des espèces aquatiques : les Ecrevisses à pieds blancs et le toxostome
Les enjeux les plus faibles concernent :
- la Pie-grèche écorcheur, un passeareau assez répandu sur le territoire
- des Libellules, la Cordulie à corps fin et l'Agrion de Mercure, qui n'ont pas été retrouvées sur le Minervois durant les études du DOCOB
Pour répondre à ces enjeux,les objectifs de conservation suivants ont été proposés :
- Maintenir et restaurer les milieux ouverts du site en conservant la mosaïque agricole
- Conserver et restaurer les éléments paysagers ayant une fonction dans le cycle de vie des espèces
- Réduire et supprimer les menaces pesant sur les habitats et espèces d'intérêt communautaire en maintenant les activités présentes sur les sites
- Gérer les cours d'eau et les ripisylves dans l'objectif d'un bon état de conservation
- augmenter la valeur biologique des peuplements forestiers
- Améliorer la connaissance sur les habitats et les espèces d'intérêt communautaire
- Mettre en oeuvre le DOCOB, sensibiliser, former et impliquer les acteurs dans la démarche Natura 2000