Un site N2000, c'est d'abord un périmètre. Celui ci résulte de la synthèse des connaissances sur le patrimoine naturel présent sur un territoire. Il est proposé par les Services de l'Etat qui consultent ensuite les collectivités concernées. C'est finalement le préfet qui valide les limites qui seront transmises au Ministère de l'Écologie. Ce dernier retient ou non la proposition et la soumet à consultation interministérielle.
Le devenir de la proposition de site diffère ensuite selon que l'on a affaire à un site "Oiseaux" ou un site "Habitats-Faune-Flore".
Dans le premier cas, l'État désigne le site en Zone de protection spéciale (ZPS) en droit national par arrêté ministériel (Ministère de l'Écologie) avant de notifier cette désignation à l'Europe. La Commission européenne ajoute alors le site à la liste des sites communautaires.
Dans le second cas, l'État envoie sa proposition (pSIC) à l'Europe qui l'évaluera. Une fois retenu par la Commision européenne, le site intégre la liste des sites d'importance communautaire (SIC). L'État doit ensuite désigner ce SIC en droit national, il devient alors une Zone spéciale de conservation (ZSC).
La désignation d'une ZPS ou d'une ZSC entraîne une contrainte administrative réglementaire : c'est l'évaluation des incidences des projets pouvant potentiellement affecter les habitats et les espèces du site concerné.