Une fois validées par le COPIL, les actions retenues dans le DOCOB sont mises en oeuvre par l'animateur du site : c'est la phase d'animation du DOCOB. Pour mener au mieux ses actions, l'animateur dispose de trois outils principaux :
- les mesures agro-environnementales et climatiques (MAEC) : il s'agit de mesures financières à destination des agriculteurs. Ceux-ci peuvent s'engager volontairement à respecter un cahier des charges sur leurs pratiques en compensation d'une indémnisation financière. Ces "contrats" ont une durée de 5 ans et peuvent porter sur l'entièreté de l'exploitation ou sur des parcelles précises.
- les contrats Natura 2000 : il s'agit de contrats à destination des propriétaires de surfaces foncières non consacrées à l'agriculture. On y distingue les contrats "forestiers" qui s'adressent aux propriétaires de parcelles boisés et des contrats "non-agricoles et non-forestiers" qui s'adressent aux propriétaires de parcelles sans usage particulier. Comme les MAEC, ces contrats, d'une durée de 5 ans, sont basés sur le volontariat. Un cahier des charges fixe les modalités des différents engagements que le signataire doit respecter et les travaux de gestion sont cofinancés par l’Union européenne.
- la charte Natura 2000 : elle consiste en un receuil de bonnes pratiques qu'un propriétaire foncier, ou un groupement d'usagers, peut signer afin de faire reconnaitre la bonne gestion des surfaces concernées.
L'animateur n'est cependant pas limité à l'animation des ces outils, il doit aussi veiller à :
- informer et sensibiliser les publics concernés
- s'assurer de la cohérence des politiques publiques affectant le territoire
- accompagner les porteurs de projets soumis à évaluation des incidences
- s'assurer du bon état de conservation écologique des habitats et des espèces du site
Le DOCOB n'est pas un document figé et sera régulièrement évalué et révisé afin que les objectifs et actions proposées soient toujours pertinentes au regard des l'évolution des enjeux et des activités humaines pouvant interagir avec ces enjeux. Le travail de l'animateur consistera donc aussi à évaluer les besoins de mise à jour du DOCOB au fil du temps.