Lorsqu'un site est désigné, il se dote à terme d'un Comité de pilotage (COPIL) qui réunit les représentants des différents acteurs concernés localement : services de l'Etat, collectivités territoriales (communes, pays, syndicats mixtes...), représentants des activités de loisirs (chasse, pêche, sport...), acteurs agricoles et sylvicoles (chambre d'agriculture, syndicats..), structures environnementales (conservatoires des espaces naturels, conservatoires botaniques, associations naturalistes...)...
Le COPIL désigne en son sein une collectivité territoriale motivée à porter la politique Natura 2000 sur le territoire, Il s'agit de l'opérateur (ou structure opératrice). Cette collectivité sera généralement représentée par un employé qui assurera la mise en oeuvre technique de Natura 2000, c'est l'animateur.
Les représentants des collectivités territoriales du COPIL désignent en leur sein un Président du COPIL. Celui-ci est un interlocuteur privilégié de l'animateur, il veille à ce que la concertation se passe au mieux, à travers notamment l'animation des réunions annuelles du COPIL.
L'opérateur a pour première mission la réalisation du Documents d'objectifs (DOCOB) du site. Celui-ci est une sorte de plan de gestion qui se compose d'une première partie de diagnostic faisant l'état des lieux du patrimoine naturel ainsi que des activités humaines et de leurs relations (positives ou négatives) avec ce patrimoine. De ce diagnostic sont tirés des enjeux de conservation déclinés en objectifs et en mesures d'action afin de répondre aux problématiques recensées. Ce document sera ensuite soumis à la validation du COPIL, cette dernière marquant le début de l'animation du site.