Les contrats Natura 2000 permettent d’assurer l’entretien et/ou la restauration des milieux naturels à l'exception des surfaces agricoles (cf. les MAEC). Ils financent les travaux définis comme nécessaires à la préservation et la mise en valeur du patrimoine naturel des sites Natura 2000.
Sur le Minervois, les enjeux principaux portent sur le maintien ou la restauration de milieux ouverts favorables aux espèces animales ainsi que sur l'amélioration des habitats de gîtes des chauves-souris (cf. les Enjeux).